杀菌灭藻剂是一种应用于冷水循环当中，有效地控制水中菌类、藻类的繁殖以及分离水中的黏泥。这对于冷水的再多次循环利用提供了可能性。像杀菌灭藻剂这样强大的杀菌功能，是否能应用于饮用水的净化过程?答应是否定的，因其化学性质决定了它不能应用于城市净水过程。
在化工、电厂生产过程当中，总要应用冷水循环系统，然而，这些水在长时间的使用过后会滋生大量的细菌甚至是藻类，以及粘泥的出现;这些细菌、藻类以及粘泥造成了冷水循环效果差，因而去除很必要。而杀菌灭藻剂就能够减缓冷水循环系统当中的水质变浊。使用杀菌灭藻剂的方法很简单，大概分为两种投入量。当它作为非氧化性的杀菌灭藻剂时，投入量是50-100mg/L;而当它作为是黏泥分离剂的时候，它的投入量是200-300mg/L。对于作为黏泥分离剂的它，在投入一段时间后会发现有沉淀物的出现，我们就要对它进行过滤，把沉淀物都分离出来。一般来说，最好的效果是能够让杀菌灭藻剂不产生泡沫，可以适当地投入一些有机硅类消泡剂。
在使用杀菌灭藻剂也有一些注意事项，因其是化学物品，会对人体脆弱的部份产生伤害。如果在使用它的时候不小心碰到了眼睛，就得要马上用清水洗，如果发现眼睛还是有异样的感觉，就要立即到医院就诊。接触它的时候最好的就是能够戴着手套才去接触，做好个人的防护措施。对还没有使用完的杀菌灭藻剂要密封，然后把它放到干燥阴凉的地方，以够受潮以及太阳光的照射分解，从而失去了它的效应。
杀菌灭藻剂是一种水溶性的物质，能够直接投入于冷水循环当中应用;在经过一段时间的充分反应后就能达到杀菌、灭藻以及黏泥分离效果。它的投入使用量是决定它有哪种效果的主要因素，在投入时先要了解自己想要哪种效果。而在使用过程当中也要注意一些事项，这样才能保护自己，而且也能让杀菌灭藻剂达到最佳的使用效果。